مشکلات آموزشی:
- از مهمترین مشکلات آمورشی مطرح در این دانشگاه، اخذ هزینه بابت ارائه مجدد واحدهای مردودی دانشجویان و همچنین اخیراً اخذ شهریه ۲۵۰ هزار تومانی بابت هر واحد درسی در ترم تابستانی دانشگاه علوم پزشکی شیراز (این هزینه ها در کل دانشگاه اخذ میشود.)
- عدم رعایت عدالت آموزشی بین ورودی های مختلف دانشکده (از جمله مصادیق این مورد: تعدادی دانشجو از یک ورودی به علت عقب ماندن از آزمون علوم پایه موفق به گذراندن دروس کارآموزی و بقیه دروس همزمان با ورودی خود نشدند؛ در حالی که در یک ورودی دیگر، تعدادی دانشجو با شرایط مشابه، تمامی دروس خود را همزمان با ورودی خودشان به اتمام رساندند.)
- عدم رعایت اخلاق آموزشی از طرف برخی اساتید دانشکده ی پزشکی در دروس قبل از علوم پایه و همچنین استفاده از متد آموزشی متکی بر پایه ی پاورپوینت و ترجمه ی اسلاید ها در ساعات آموزشی
- اجرای طرح حضور و غیاب اجباری توسط آموزش دانشکده و حذف دروس در صورت تجاوز تعداد غیبت ها از حد مجاز |(حتی یک جلسه) و عدم لحاظ مشکلات احتمالی دانشجویان
- وجود شرایط آموزشی استاد محور و عدم تدارک شرایطی مساعد جهت اعمال انتقادات سازنده نسبت به سیستم آموزشی و روش های تدریس اساتید
- عدم ارائه سوالات استاندارد در امتحانات و برگزاری امتحانات به صورت هر چه سخت تر (با این دلیل توجیهی که این دانشگاه تیپ یک است،) و به تبع مردودی بسیاری از دانشجویان، چه در قبل از آزمون علوم پایه و چه بعد از آن
مشکلات صنفی:
- عدم ارائه اینترنت در فضای دانشکده.
- عدم ارائه سرویس ایاب و ذهاب مناسب (لازم به ذکر است دانشکده شیراز حدود 5 کیلومتر خارج از شهر قرار گرفته است.)
- عدم وجود بوفه مناسب در دانشکده
- عدم تخصیص بودجه مناسب به امور فرهنگی و همچنین عدم بذل توجه به امور رابطین
- امکانات نامناسب آموزشی در فضای کلاس ها؛ از جمله دیتا شوهای قدیمی و تخته وایت برد های از کار افتاده و عدم نظارت کافی آموزش دانشکده و معاونت پشتیبانی بر این موارد
